Utopia se centra en un grupo de fans de comics que se conocen online y crean un vínculo gracias a su obsesión por un cómic aparentemente ficticio llamado “Utopia”. Juntos, Ian (Dan Byrd), Becky (Ashleigh LaThrop), Samantha (Jessica Rothe), Wilson Wilson (Desmin Borges) y Grant (Javon “Wanna” Walton) desentierran significados escondidos entre las páginas de Utopia que predicen las amenazas a la humanidad. Se dan cuenta de que no son solo hechos de una conspiración, sino que son peligros muy reales que están reviviendo ahora mismo en su mundo.

Cinco desconocidos, de un foro de cómics de internet, deciden quedar después de que uno de ellos consiga el manuscrito original del segundo volumen, sin publicar, de la novela gráfica de culto “Los Experimentos de Utopía”. Se encuentran a sí mismos en medio de una persecución de una organización en la sombra conocida como “La Red”, que está en busca del manuscrito y de una persona llamada Jessica Hyde, capaces de matar para conseguir acabar con ambos. Mientras tres de los miembros del foro –Ian, Becky y Wilson- se encuentran en un pub, otro –Bejan, el que consiguió el manuscrito- es asesinado por dos miembros de La Red. El único testigo de este crimen es Grant, de 11 años, el quinto miembro del foro, y cuando huye con el manuscrito, los dos asesinos emprenden su búsqueda. Ian y Becky pronto se darán cuenta de que se les ha tendido una trampa, y han sido acusados de crímenes que no han cometido, mientras que los conocimientos de hacking de Wilson atraen la atención Arby y Lee, miembros de La Red. Mientras las vidas de este trío empiezan a resquebrajarse, el mundo del funcionario Michael Dugdale también se vuelve patas arriba al ser chantajeado por La Red. En el momento en que las cosas se antojan cada vez más desesperadas para Ian, Becky y Wilson, conocen a una enigmática extraña.

Incapaces de volver a sus anteriores vidas, Ian y Becky se ven obligados a afrontar la terrible realidad de una vida de continua huida. Jessica Hyde se descubre a sí misma como la hija del autor del manuscrito Utopía, y ha estado la mayor parte de su vida huyendo. Ian y Jessica siguen la pista hasta un agente de la CIA encubierto, que les conduce hacia el vagabundo. Mientras tanto, Dugdale se sumerge más y más en una conspiración, ya que la misteriosa y siniestra Red muestra tener infiltrados en la mayoría de las agencias de inteligencia del gobierno. El episodio acaba con Grant uniéndose finalmente al grupo, habiendo dejado su mitad del manuscrito con una joven chica que ha conocido recientemente llamada.El grupo siente todo el peso del poder de La Red cuando Grant es acusado, como una trampa, de un asesinato en masa en su colegio. Sin ningún sitio al que ir, se ven obligados a hacer un nuevo aliado, un agente del MI5 llamado Milner. Arby obtiene la localización de Alice, la chica a quien Grant dejó el manuscrito, y se produce un enfrentamiento.El grupo hace uso de una casa de campo abandonada. Intentando descifrar el significado secreto del manuscrito, se dan cuenta de que un productor de alimentos global puede estar implicado en la propagación de una nueva enfermedad, y que pretenden comercializar una cura que sólo funciona en perfiles genéticos y razas específicos. Mientras tanto, Alice está al borde de descomponerse buscando una explicación a la muerte de su madre, y la relación entre Ian y Becky se profundiza. El intento de Dugdale de chantajear a la red fracasa, y debe decidir entre abandonar su persecución a La Red o salvar su matrimonio. El grupo visita a un hombre con conexiones con La Red, tratando de extraerle información, pero la situación se vuelve amarga cuando Alice lo mata de un disparo, creyendo que es el responsable de la muerte de su madre.El grupo intenta conseguir información de su nuevo rehén, Letts, quien detalla el plan de La Red. El camello de Becky la pone en una situación difícil cuando pide el manuscrito a cambio de futuras drogas, lo que la pone en un dilema. Ian, Grant y Alice dan las vacunas a Dugdale confiando en que les ayudará, pero Grant es arrestado cuando Dugdale opta por llamar a la policía.El asistente de Letts intenta extraer el código de Grant para Janus. Dugdale se da cuenta de que ha estado siendo engañado por Anya, quien es una agente de La Red, y se une al grupo para intentar evitar que se haga uso de la vacuna prendiéndole fuego a los suministros. Mientras que el grupo piensa que Mr Rabbit es el asistente de Letts, Wilson y Jessica se ponen en marcha para asesinarlo, pero Wilson se vuelve contra Jessica al creer que el objetivo de la Red es justo; Grant mata al asistente de Lett e interrumpe a Wilson, dando tiempo a Jessica a acuchillarlo y escapar junto a Grant. Con la vacuna destruida y Mr. Rabbit muerto, el grupo se separa.